Thời Lý Cao Tông, vua thích hưởng lạc xa xỉ, vơ vét của dân xây nhiều cung điện, bắt trăm họ xây dựng phục dịch nên trộm cướp nổi lên khắp nơi. Lòng dân oán hận, nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân và ly khai của các hào trưởng địa phương nổ ra.

Tháng 3 năm 1207, hào trưởng ở Hồng Châu (Hải Dương và Hải Phòng) là Đoàn Thượng, Đoàn Chủ nổi dậy, xưng vương hiệu. Lý Cao Tông phái rất nhiều quân đi đánh. Thấy thế lực quân triều đình quá mạnh, Đoàn Thượng liền ngầm sai người đem của cải đút lót cho tướng Phạm Du, nhờ Du xin hộ với triều đình. Phạm Du cố vì Thượng mà xin với Cao Tông tha cho.[1]

Đầu năm 1209, Cao Tông sai Phạm Du coi việc quân ở châu Nghệ An. Phạm Du bèn chiêu tập những người vong mệnh nổi dậy chống triều đình. Lý Cao Tông liền sai Phạm Bỉnh Di lấy quân ở Đằng Châu (thị xã Hưng Yên) để đánh Phạm Du.

Sau nhiều trận giao tranh, tháng 2 năm 1209, Phạm Bỉnh Di đánh bại Phạm Du. Phạm Du thua trận bỏ trốn. Bỉnh Di tịch biên gia sản của Du rồi đốt hết. Sang tháng 4 năm 1209, Phạm Bỉnh Di đánh tan quân Đoàn Thượng.[2]

Phạm Du ngầm sai người về kinh đút lót cho bọn quan lại trong triều, nói rằng Bỉnh Di tàn ác, giết hại người vô tội và kể lể tình oan, xin về kinh đợi tội. Cao Tông sai Trần Hinh triệu Phạm Du về kinh, lại triệu cả Bỉnh Di về triều. Phạm Du về kinh trước hầu Cao Tông, được vua tin cẩn; cha con Bỉnh Di cùng bộ tướng Quách Bốc mang quân về kinh sau.

Phạm Bỉnh Di cùng con là Phạm Phụ vào triều phụng mệnh, Quách Bốc ở ngoài thành. Cao Tông sai bắt cha con Bỉnh Di giam ở Thủy Viên.